信用卡同一期还了两次，系统在还款日扣款，只会扣除当期账单应还的金额，多还的部分会存在信用卡里变成溢缴款。用户在使用信用卡刷卡消费时，会优先消耗掉溢缴款。而用户这期间不使用信用卡，到了下期还款日，溢缴款也可以用于偿还下期账单金额。

　　因此，对于用户来说，信用卡同一期还了两次并不会扣款两次，多还的钱还是会在卡里。