补充公积金和公积金最大的区别在于，住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的。补充住房公积金属于非强制性缴纳的社会保障项目，企业根据自身的业绩和管理需要可以自主决定是否替员工缴纳补充住房公积金。